Το Πανεπιστήμιο Κρήτης εφαρμόζει ένα ολοκληρωμένο Εσωτερικό Σύστημα Διασφάλισης της Ποιότητας (ΕΣΔΠ), το οποίο πιστοποιήθηκε στις 10 Σεπτεμβρίου 2019 ως προς τη συμμόρφωσή του στις αρχές του Προτύπου Ποιότητας της ΑΔΙΠ και τις Αρχές Διασφάλισης Ποιότητας (ESG) του Ευρωπαϊκού Χώρου Ανώτατης Εκπαίδευσης, λαμβάνοντας την ανώτατη αξιολόγηση «Fully Compliant» («Πλήρης Συμμόρφωση»).

Το Εσωτερικό Σύστημα Διασφάλισης της Ποιότητας (ΕΣΔΠ) καλύπτει όλο το σύνολο των λειτουργιών και δραστηριοτήτων του Ιδρύματος, σύμφωνα με τις διεθνείς πρακτικές, ιδίως εκείνες του Ευρωπαϊκού Χώρου Ανώτατης Εκπαίδευσης και τις αρχές και κατευθύνσεις της ΕΘΑΑΕ. Στόχος του είναι η διασφάλιση και η συνεχής βελτίωση της ποιότητας του εκπαιδευτικού και ερευνητικού έργου, καθώς και των υποστηρικτικών υπηρεσιών του Ιδρύματος.

Το σύστημα περιλαμβάνει διεργασίες και διαδικασίες που εφαρμόζονται με σκοπό την παροχή υψηλής ποιότητας ανώτατης εκπαίδευσης στους φοιτητές αλλά και την ανάπτυξη ενός δημιουργικού περιβάλλοντος έρευνας και εργασίας για το προσωπικό του με όρους διαφάνειας. Η δέσμευση αυτή απορρέει από τη στρατηγική και τους  στόχους του Ιδρύματος για τη διατήρηση ενός σταθερού και ενεργού πρωταγωνιστικού ρόλου στο σύγχρονο διεθνές εκπαιδευτικό, ερευνητικό και κοινωνικό περιβάλλον, καθώς και από την προσήλωσή του στην αρχή της διαφάνειας και υπεύθυνης λειτουργίας. Υποστηρίζεται από τη συστηματική και στενή συνεργασία των Πρυτανικών Αρχών με τη Μονάδα Διασφάλισης Ποιότητας και ενισχύεται από τη σημαντική συμβολή των θεσμικών οργάνων, της Διοίκησης, των μελών ΔΕΠ, των ερευνητών, των φοιτητών, των αποφοίτων καθώς και των εκπροσώπων της τοπικής κοινωνίας.

Η εφαρμογή και διαχείριση του Εσωτερικού Συστήματος Διασφάλισης Ποιότητας (ΕΣΔΠ) αποτελεί ευθύνη της  Μονάδας Διασφάλισης Ποιότητας (ΜΟ.ΔΙ.Π.) του Πανεπιστημίου Κρήτης.