Η ανάγκη για τη δημιουργία ενός ανώτατου εκπαιδευτικού ιδρύματος στην Κρήτη είχε προκύψει από νωρίς· γεωγραφικοί και δημογραφικοί λόγοι επέβαλαν να λειτουργήσει εδώ το τρίτο ελληνικό πανεπιστήμιο, ποικίλες όμως αιτίες καθυστέρησαν τη δημιουργία του. Το ιδρυτικό διάταγμα δημοσιεύτηκε το 1973. Έδρα του Πανεπιστημίου ορίστηκε το Ρέθυμνο, όπου αποφασίστηκε να παραμείνει η ενιαία ακόμα τότε Φιλοσοφική Σχολή και να εγκατασταθεί στο Ηράκλειο η Σχολή Θετικών Επιστημών.

 Η χρονική συγκυρία της δημιουργίας του Πανεπιστημίου Κρήτης στάθηκε ιδιαίτερα θετική· η κοινωνία διέθετε τη βούληση και τις δυνάμεις να ανανεωθεί. Έτσι, το πανεπιστήμιο προχώρησε από την πρώτη στιγμή σε καινοτομίες και σε γόνιμους πειραματισμούς. Το Πανεπιστήμιο Κρήτης ευτύχησε από την αρχή να στελεχωθεί με καταξιωμένους επιστήμονες, πολλοί από τους οποίους ήρθαν από ευρωπαϊκά και αμερικανικά ιδρύματα, όπου ήδη απολάμβαναν τη διεθνή αναγνώριση. Οι πρώτοι καθηγητές που ανέλαβαν να οργανώσουν το Πανεπιστήμιο, αλλά και οι επόμενες γενιές, έδωσαν ιδιαίτερη σημασία στη διαμόρφωση ευνοϊκών συνθηκών για την καλλιέργεια της έρευνας, τόσο εντός του Πανεπιστημίου, όσο και σε σύνδεση με ερευνητικά κέντρα.

Φιλοσοφική Σχολή (Ρέθυμνο): Δέχεται για πρώτη φορά φοιτητές το ακαδημαϊκό έτος 1977- 1978. Από το 1983, η Φιλοσοφική Σχολή λειτουργεί με 3 διακριτά πλέον Τμήματα: Φιλολογίας, Ιστορίας και Αρχαιολογίας και Φιλοσοφικών και Κοινωνικών Σπουδών.

Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών (Ηράκλειο): Αρχικά ως Φυσικομαθηματική Σχολή δέχεται φοιτητές το ακαδημαϊκό έτος 1977-1978. Από το 1983, ως  Σχολή Θετικών Επιστημών, συνέχισε τη λειτουργία της με 5 διακριτά Τμήματα: Μαθηματικών, Φυσικής, Χημείας, Βιολογίας, Επιστήμης Υπολογιστών και Επιστήμης και Τεχνολογίας Υλικών. Το 2002 η σχολή μετονομάστηκε σε «Σχολή  Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών». Το 1999 άρχισε να λειτουργεί το Τμήμα Εφαρμοσμένων Μαθηματικών της Σχολής Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών, ενώ το Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Υλικών δέχτηκε για πρώτη φορά φοιτητές το ακαδημαϊκό έτος 2001-2002.

Σχολή Επιστημών Αγωγής (Ρέθυμνο): Ιδρύθηκε το 1995. Σε αυτήν εντάχθηκαν το Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης και το Παιδαγωγικό Τμήμα Προσχολικής Εκπαίδευσης, που λειτουργούσαν ανεξάρτητα από το 1984 – 85 και 1987 – 88 αντίστοιχα.

Σχολή Κοινωνικών Επιστημών (Ρέθυμνο): Ιδρύθηκε το 1984, αλλά άρχισε να δέχεται τους πρώτους φοιτητές το ακαδημαϊκό έτος 1987-1988, σε τρία Τμήματα: Οικονομικών Επιστημών, Κοινωνιολογίας και Ψυχολογίας. Το Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης που ανήκει στην ίδια Σχολή δέχτηκε τους πρώτους φοιτητές το ακαδημαϊκό έτος 1999-2000.

Σχολή Επιστημών Υγείας (Ηράκλειο): Ιδρύθηκε το 1976 και άρχισε να λειτουργεί με το Τμήμα Ιατρικής το ακαδημαϊκό έτος 1984-1985, οπότε και δέχθηκε τους πρώτους φοιτητές.

Το έργο της διοίκησης του Πανεπιστημίου είχε ανατεθεί σε Διοικούσες Επιτροπές μέχρι τον Σεπτέμβριο του 1987 που πέρασε στην αρμοδιότητα εκλεγμένων πρυτανικών αρχών.