Σε κάθε ένα από τα 16 ακαδημαϊκά τμήματα του Πανεπιστημίου Κρήτης λειτουργεί Πρόγραμμα Διδακτορικών Σπουδών με πεδία δράσης την έρευνα, την καινοτομία και τη σύνδεση με την αγορά εργασίας. Κάθε ενδιαφερόμενος/η υποψήφιος/α, υποβάλει αίτηση εκπόνησης διδακτορικής διατριβής στη Γραμματεία του Τμήματος, συνοδευόμενη από τη σχετική ερευνητική πρόταση και τα απαιτούμενα λοιπά δικαιολογητικά που προσδιορίζονται στον Κανονισμό Διδακτορικών Σπουδών κάθε Τμήματος.

Με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος γίνονται δεκτοί οι υποψήφιοι/ες διδάκτορες, ορίζεται τριμελής συμβουλευτική επιτροπή για την επίβλεψη και την καθοδήγησή τους.
Η χρονική διάρκεια για την απόκτηση του διδακτορικού διπλώματος δεν μπορεί να είναι μικρότερη από τρία (3) ημερολογιακά έτη από την ημερομηνία ορισμού της τριμελούς συμβουλευτικής επιτροπής.

Στο πλαίσιο της εξωστρέφειας και της προαγωγής της γνώσης, έχουν συναφθεί Ειδικά Πρωτόκολλα Συνεργασίας με αναγνωρισμένα Ιδρύματα της αλλοδαπής για την εκπόνηση διδακτορικής διατριβής με συνεπίβλεψη.