Η Υποδιεύθυνση στηρίζει την αντίστοιχη διεύθυνση της κεντρικής διοίκησης στο Ηράκλειο, διαρθρώνεται στα ίδια Τμήματα με αυτά της Διεύθυνσης, εκτός του Τμήματος Προϋπολογισμού και ασκούν τις ίδιες αρμοδιότητες.