Το Πανεπιστήμιο Κρήτης αποτελεί μέρος ενός  σημαντικού οικοσυστήματος ακαδημαϊκών και ερευνητικών Ιδρυμάτων που δραστηριοποιούνται στη Κρήτη. Οι  συνέργειες και οι συνεργασίες που εδώ και πάνω από 30 χρόνια αναπτύσσει με το  Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας, το Περιφερειακό Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο, το Ινστιτούτο Θαλάσσιας Βιολογίας αλλά και το ΤΕΙ Κρήτης και το Πολυτεχνείο Κρήτης συμβάλλουν ώστε το Πανεπιστήμιο Κρήτης να συμμετέχει δυναμικά στις διεθνείς εξελίξεις της έρευνας.

Ένα δίκτυο ερευνητικών συνεργασιών έχει αναπτυχθεί και υποστηρίζεται διαρκώς μέσα από τα υλοποιούμενα έργα, τη συνεργασία με Ερευνητικά Κέντρα διεθνούς κύρους, την αλληλεπίδραση με επιχειρήσεις και ιδιώτες.