Το Πανεπιστήμιο Κρήτης στα 40 χρόνια λειτουργίας του έχει αναδειχθεί σε ένα έντονα εξωστρεφές και καινοτόμο εκπαιδευτικό και ερευνητικό Ίδρυμα με σημαντικές επιστημονικές διακρίσεις και ξεχωριστή παρουσία στις διεθνείς κατατάξεις. Σήμερα, το Πανεπιστήμιο Κρήτης διαθέτει πέντε σχολές (Φιλοσοφική, Κοινωνικών Επιστημών, Επιστημών Αγωγής, Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών, και Επιστημών Υγείας), με δεκαέξι τμήματα που καλύπτουν έναν ευρύτατο επιστημονικό χώρο.
Το Π.Κ. αποτελείται από 5 σχολές και 16 συνολικά Τμήματα που προσφέρουν εξειδικευμένη γνώση με υψηλού επιπέδου προπτυχιακά και μεταπτυχιακά προγράμματα. Επίσης οργανώνει προγράμματα εκπαίδευσης, σεμινάρια και θερινά σχολεία σε εξειδικευμένα αντικείμενα για νέους επιστήμονες και επαγγελματίες. Πρόσφατα έχει δημιουργηθεί στο Π.Κ. ειδική δομή για την προαγωγή της δια βίου εκπαίδευσης και των βραχυχρόνιων προγραμμάτων κατάρτισης.
Το Πανεπιστήμιο Κρήτης από την ίδρυσή του προσανατολίστηκε στην ανάπτυξη της έρευνας σε όλα τα επιστημονικά αντικείμενα που θεραπεύονται από τα 16 Τμήματά του. Σήμερα παράγεται νέα γνώση και τεχνολογική καινοτομία σε ένα ευρύ φάσμα ερευνητικών περιοχών.
Το Πανεπιστήμιο Κρήτης συμμετέχει ενεργά στην διεθνή ακαδημαϊκή δραστηριότητα. Συνεργάζεται με Πανεπιστήμια από όλο τον κόσμο σε προγράμματα ανταλλαγών, σε κοινά προγράμματα σπουδών και σε κοινές ακαδημαϊκές πρωτοβουλίες. Συνεργάζεται με Ερευνητικά Κέντρα, Ινστιτούτα και Διεθνείς Οργανισμούς σε ερευνητικά προγράμματα, και διοργανώνει επιστημονικές συναντήσεις στο πλαίσιο αυτό. Το Π.Κ. αν και βρίσκεται στο πιο απομακρυσμένο άκρο της Ευρώπης είναι ένα από τα πιο προβεβλημένα διεθνώς Πανεπιστήμια της χώρας.
Το Π.Κ. εκτός από την εκπαιδευτική και ερευνητική του δραστηριότητα συμβάλλει άμεσα ή έμμεσα στην κοινωνική και πολιτιστική ζωή των δύο πόλεων που το φιλοξενούν, δηλαδή του Ρεθύμνου και του Ηρακλείου. Πολιτιστικές, αθλητικές δραστηριότητες, δράσεις εθελοντισμού, αλλά και επιμόρφωσης, συνιστούν μόνιμες λειτουργίες του Π.Κ. καθώς και η διάδοση της γνώσης στον μαθητικό πληθυσμό μέσω επισκέψεων στο Π.Κ. και στα Μουσεία του.