Πρόεδρος ή Αναπληρωτής Πρόεδρος Τμήματος εκλέγεται πλήρους απασχόλησης μέλος Δ.Ε.Π. πρώτης βαθμίδας ή της βαθμίδας του αναπληρωτή του οικείου Τμήματος για θητεία δύο (2) ετών. Αν δεν υπάρχουν μέλη Δ.Ε.Π. των δύο πρώτων βαθμίδων μπορεί να θέσει υποψηφιότητα και επίκουρος. Αν δεν υπάρχουν υποψηφιότητες, ο Πρόεδρος του Τμήματος ορίζεται από τη Σύγκλητο μεταξύ των υπαρχόντων μελών Δ.Ε.Π. του Τμήματος, με προτεραιότητα στις δύο πρώτες βαθμίδες και μέχρι τη βαθμίδα του Επίκουρου.

Η εκλογή του Προέδρου και του Αναπληρωτή Προέδρου γίνεται με δύο (2) ξεχωριστά ενιαία ψηφοδέλτια, που περιλαμβάνουν τα ονόματα όλων των υποψήφιων Προέδρων και Αναπληρωτών Προέδρων, αντίστοιχα.

Το σώμα εκλεκτόρων για την εκλογή Προέδρου και Αναπληρωτή Προέδρου απαρτίζεται: α) από το σύνολο των μελών Δ.Ε.Π. του οικείου Τμήματος (πρώτη ομάδα εκλεκτόρων) και β) από το σύνολο των μελών Ε.Ε.Π., Ε.ΔΙ.Π. και Ε.Τ.Ε.Π. του οικείου Τμήματος (δεύτερη ομάδα εκλεκτόρων).

Ο Πρόεδρος του Τμήματος έχει τις εξής αρμοδιότητες και όσες άλλες προβλέπονται από τις διατάξεις του παρόντος νόμου, του Οργανισμού, του Εσωτερικού Κανονισμού, καθώς και τις λοιπές διατάξεις της κείμενης νομοθεσίας:

α) προΐσταται των υπηρεσιών του Τμήματος και εποπτεύει την εύρυθμη λειτουργία του Τμήματος και την τήρηση των νόμων, του Οργανισμού και του Εσωτερικού Κανονισμού,

β) συγκαλεί τη Συνέλευση του Τμήματος, καταρτίζει την ημερήσια διάταξη, ορίζει ως εισηγητή των θεμάτων μέλος της Συνέλευσης, προεδρεύει των εργασιών της, εισηγείται τα θέματα για τα οποία δεν έχει οριστεί ως εισηγητής άλλο μέλος της Συνέλευσης και μεριμνά για την εκτέλεση των αποφάσεών της,

γ) συγκαλεί το Διοικητικό Συμβούλιο, καταρτίζει την ημερήσια διάταξη, προεδρεύει των εργασιών του και μεριμνά για την εκτέλεση των αποφάσεών του,

δ) μεριμνά για την εφαρμογή του προγράμματος σπουδών, συμπεριλαμβανομένων των εκπαιδευτικών δραστηριοτήτων,

ε) επιμελείται την τήρηση των μητρώων επιστημονικών δημοσιεύσεων του Τμήματος,

στ) εκδίδει πράξεις ένταξης μελών Δ.Ε.Π. σε καθεστώς μερικής απασχόλησης,

ζ) διαβιβάζει στα προβλεπόμενα από το νόμο όργανα γνώμες, προτάσεις ή εισηγήσεις της Συνέλευσης Τμήματος,

η) συγκροτεί επιτροπές για την μελέτη ή διεκπεραίωση συγκεκριμένων θεμάτων της αρμοδιότητας του Τμήματος,

θ) συντάσσει ετήσια έκθεση δραστηριοτήτων του Τμήματος και τη διαβιβάζει στην Κοσμητεία,

ι) εκπροσωπεί το Τμήμα στη Σύγκλητο και πρέπει να ενημερώνει τη Συνέλευση για τις συζητήσεις και τις αποφάσεις της Συγκλήτου.